摘要："在这里的科研达到了我的预期"
10月16日晚，中国科学院上海免疫与感染研究所英国籍研究员丹尼尔·法鲁什领导的研究组及其合作者的一项研究，在线发表于国际知名期刊《自然》上。他们首次发现古老土著人群和食肉动物中幽门螺杆菌的全新生态亚种。该研究加深了人们对幽门螺杆菌进化历史的理解，并将人类与之互作进化的时间提前到15万年前。
数学专业出身，为何会对幽门螺杆菌感兴趣？曾在英国、德国、日本、爱尔兰等地工作，什么样的机缘来到上海？上个月刚获得上海市“白玉兰纪念奖”的丹尼尔·法鲁什接受了解放日报·上观新闻记者的专访。
丹尼尔·法鲁什在办公室。黄海华 摄
【“这种细菌很特别”】
幽门螺杆菌的发现及其被承认，充满着戏剧性。
一直以来，人们认为没有细菌能在胃液的强酸环境中生存，胃炎和胃溃疡被归咎于压力或辛辣食物。上世纪80年代，澳大利亚科学家罗宾·沃伦和巴里·马歇尔试图培养幽门螺杆菌，他们每次只常规培养2天，一直没有成功。一次假日，他们忘记实验室正在培养细菌。5天后，实验室助手打来电话，这一回终于培养成功了。但由于缺少动物感染模型，他们的发现依然不被承认。一次遭到嘲笑后，马歇尔一怒之下喝下了一大杯幽门螺杆菌培养液，10天后胃镜证实了胃炎和幽门螺杆菌的存在。2005年，他们因为这一发现获得诺贝尔生理或医学奖。
受到这个故事的吸引，今年54岁的丹尼尔·法鲁什研究幽门螺杆菌已有20多年，“这种细菌很特别，它会造成患者的终身感染或慢性感染，甚至引发胃癌，还会随着人的迁徙到世界各地。”
为此，研究团队收集了全球近7000个幽门螺杆菌基因组的数据集，包括来自北冰洋极端条件下的土著人群。最终，他们在西伯利亚、加拿大、美国和智利的土著人群中，发现了幽门螺杆菌的全新生态亚种——“Hardy”。
所谓生态种，是指同一物种因适应不同生态环境，而在基因上表现出微小差异的种群。相比幽门螺杆菌至今普遍流行的生态种“Ubiquitous”，已在全世界大部分地区灭绝的“Hardy”发展出了基因的“第二版本”，约有100个不同的基因。
“Hardy编码了额外的酶，以适应食肉动物更酸的胃，因此我们提出假设：Hardy可能是在与肉食者共生的过程中进化而来。”丹尼尔·法鲁什告诉解放日报·上观新闻记者。
研究团队推断，幽门螺杆菌在人类走出非洲之前就已分裂为两个不同的生态种，并随着人类的迁徙在全球传播。过去，科学界认为幽门螺杆菌与人类互作进化的时间为10万年前，该研究将这一关联提前到了15万年前。
研究进一步揭示，在大型猫科动物中发现的猎豹螺杆菌也归属“Hardy”生态种，这表明幽门螺杆菌可能经历了从人类宿主向动物宿主的跨物种跃迁。
【“我很庆幸自己的选择”】
丹尼尔·法鲁什最早在剑桥大学读的是数学专业，他觉得数学是一个很好的工具，于是把数学应用于基因学，分析DNA测序数据。他开发了新的统计遗传学方法，助力全世界成千上万的科学家解决他们的研究问题。
他喜欢到处旅行，也很享受在不同国家工作和生活。来上海之前，他就和中国学者有过很好的合作，2019年得知上海免疫与感染所有这样一个工作机会，他没有过多犹豫就下定了决心。
到这个月底，正好是他来上海工作整整5年。他组建了20余人的国际化科研团队，在2022年爱思唯尔“全球顶尖科学家”榜单中位列国内生物学科前10名。
“我很庆幸自己的选择，在这里的科研也达到了我的预期。”丹尼尔·法鲁什告诉解放日报·上观新闻记者，不久前他刚和所里续签了合同，很高兴将继续在上海开启“下一个5年”。
“上海发展得很快，对外国人也很友好。”丹尼尔·法鲁什说，5年前上海对于他而言还有点陌生，但现在他很习惯这里的生活，喜欢中国菜的他经常和学生结伴去食堂吃饭。休假时，他喜欢去浙江、安徽、云南等山区徒步；他还喜欢即兴舞蹈，只要有音乐就可以“闻乐起舞”。
